Ich würde als nächstes mal ein Programm schreiben das mehr Ports anspricht - sollte einer der Ports sich durch falsche Fusebits (zB JTAG) nicht ansprechen lassen geht aber sicher ein Anderer.
Die Blinkfrequenz würde ich schneller machen - sollte dein uC mit 1MHz tackten, im Programm aber 16MHz stehen blinkt die LED 16 x langsamer.
Dann ist noch die Frage: Versorgst Du den uC über den Programmer mit Betriebsspannung? Falls ja, spiel das Programm auf und zieh den Programmer ab - dann versorge den 2560 extern - ohne Programmer.
Wenn sich dann nichts tut weiß ich auch nicht weiter.
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