Welche Variante meinst Du? Oder hast Du schon alle probiert? Da fällt mir noch der Unterschied auf, dass ich Lighthttp gar nicht genutzt habe, sondern den Apache. Hast Du /tmp auf tmpfs?
Edit:
Man kann in der php.ini shell-exec z.B. verbieten. Kannst du andere Programme aus php ausführen?
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