Ich habe es gerade mal auf meinem 3. Raspi getestet. Einfach das Programm mit dem in der ersten Zeile angegebenen Befehl compilieren und die php ins /var/www packen.
Das Programm bekommt automatisch beim Kompilieren die Rechte 755
die php bekommt manuell 644.

Der erste Test lief gleich erfolgreich. Als Webserver läuft lighttpd mit php5. Liegen die Programme bei Dir wie bei mir unter /var/scripte ?
Ich bin auf allen meinen Raspis immer als root unterwegs. Der lighttpd läuft als www-data.