So, ich habe es in der Zwischenzeit hinbekommen.
Ich habe mir mittels GCC ein Programm erstellt, welches die serielle Schnittstelle einliest und nach dem Empfang von chr(13) in eine Textdatei schreibt und anschließend ein BashScript ausführt, welches ich nach und nach erweitere. Das BashScript löscht dann die Eingangsdatei wieder.

Gesendet wird weiterhin einfach per echo.