Du musst schon zwei Programme schreiben, sonst kann der ATmega auf dem Arduino ja nichts machen
Du kannst in C++ ein Programm schreiben, dass die Befehle über die serielle Schnittstelle (der Arduino verhält sich ja aufgrund des Treibers wie ein serielles Interface) und dann hast du auf dem Arduino ein Programm laufen welches eben per Interrupt die Befehls-Strings empfängt, auswertet und dann die gewünschte Aktion ausführt.
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