Das prinzip ist dasselbe

Du kannst über die serielle Schnittstelle (ja für den PC ist das wegen des Treibers eine serielle Schnittstelle, obwohl er per USB angeschlossen wird) kannst du eine Abfolge von Zeichen senden. Der Arduino empfängt diese Zeichen und wertet dann diesen String (mehrere Zeichen die ein 'Wort' bilden) aus und führt die entsprechende Aktion aus.

Ein Beispiel:
Dein Befehl sieht in der Syntax so aus: *XXXXX#

Die software auf dem PC kann nun, wenn sie den Pin 3 auf HIGH setzen möchte, dieses senden (z.B.): *PIN3H#

Das Programm auf dem Arduino muss nun diese Zeichen (der Befehl wird Zeichenweise übertragen) zusammensetzen und dann in einer Referenztabelle schauen was der Befehl zu bedeuten hat.