da der eigentliche Chip im Inneren aus Transistoren besteht, die nur wenige Nanometer groß sind
Genau deswegen kann man das ja machen. Der Silizium chip im innern ist meistens eher mittig angeordnet und recht klein. Die größe des Chip ist dieselbe, ob in DIP oder TQFP Bauform, d.h. ein Großteil des DIP Gehäuses ist leer (bis auf die ganzen feinen drähte vom Chip zu den Pins).

Allerdings sollte man darauf achten, nicht die Pins, die fürs Programmieren genutzt werden wegzudremeln :P