> Wieso sind die LEDs an wenn ich den Roboter anschalte ?


Ganz einfach:
Der Bootloader schaltet diese Pins auf EINGANG mit PULLUP.
Das wird gemacht um zu verhindern das irgendwelche angeschlossene Hardware die Pins zu stark belastet (weil z.B. Ausgang gegen Ausgang treibt).
Der Bootloader weiss ja nicht was angeschlossen sein wird.
Die Pullups sind aktiviert weil die Ports auf ein definiertes Potential gelegt werden müssen wenn nichts angeschlossen ist. Sonst fangen die sich ggf. Störungen ein und das Eingangsflipflop schaltet ständig schnell hin und her, was einiges an Energie benötigen kann.
Das ist also völlig normal so.

Und nein das hat rein gar nichts mit dem JTAG Interface zu tun, das sollte deaktiviert sein.
Daran kannst Du auch ohne ISP Programmiergerät nix ändern.


MfG,
SlyD