Ich würde bei jedem Baustein ein 100nF Kondensator zwischen 5V und GND einbauen und zwar Typ X5R oder X7R. Diesen Kondensator möglichst nah an den Versorgungs-Pins des jeweiligen Bausteins platzieren. AREF und AVCC des Atmels würde ich mit zwei getrennten Kondensatoren puffern.
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