Es gibt USB-ISP Programmer wie z.B. den avrisp mkII, damit kannst du dann den Controller über ISP programmieren.

Aber die Idee, einen Arduino zu verwenden, ist erstmal garnicht schlecht. Der Arduino hat einen USB-Seriell Wandler und eine USB Typ B Buchse gleich mit drauf. Der Bootloader ist bereits drauf und du kannst ihn deshalb mit avrdude über den USB-Port programmieren, da entfallen dann eben erstmal die Kosten für den ISP-Programmer, mach also 25€ + Versand.
Musst eben schauen, ob du damit leben kannst, dass der Arduino dann eigentlich nur ein ATmega328P-Board ist, ohne Motortreiber und LEDs (kann man aber auf Lochraster aufbauen für deutlich weniger, als das RN-Control!)

Ich find's für Anfänger genial, weil 50€ fürs RN-Control und dann nochmal 40€ für den Programmer doch schon abschrecken können.