Hast du ein Oszilloskop zur Verfügung, oder kannst dein Board mal an ein solches anschließen?
Dazu, schließe einfach mal eine LED an irgendeinen Portpin an und schreibe im Programm, das der Pin auf High gesetzt werden soll, wenn die ISR erreicht wird. Leuchtet diese, wird der Interrupt korrekt ausgeführt. Danach schreibst du noch in die ISR, das der Pin an der die LED hängt, am Ende der ISR wieder auf Löw geschaltet wird. Damit ließe sich die Fehlerquelle weiter eingrenzen. Dazu sollte man langsam in Betracht ziehen, dass es auch an der Platine selber liegen könnte.
Gruß Jannis