Ist nur ne Idee und ohne jetzt in den Code zu gucken. Löscht du in der ISR auch das Interruptflag?
Weil beim UART Rx-Interrupt z.B. musst du auch den Buffer leeren, sonst wird die ISR andauernd aufgerufen.
Sonst lösch das Interruptbit mal manuell.....vielleicht löst das ja das Problem.