Sind denn die Fusebit's entsprechend auf externen Takt umgestellt ?
Das kann man z.B. in PonyProg unter Security Configuration Bit's auslesen.
(SUT0 und SUT1 , sowie CKSEL0 bis 3 müssten auf "1" stehen)
Bei einem neuen ATMEGA ist immer der interne Takt eingestellt.
Da wird der externe Quarz nicht benutzt.