Nur als kurze Ergänzung zu PICtures Beitrag: PICture meint das jeder Draht (ob nun verbunden oder nicht ist egal) den Elektromagnetischen Einflüssen vom Hausnetz ausgeliefert ist. Das heißt auch wenn du den Draht an deinen Controller Eingang hälst wirkt dieser wie eine Antenne und generiert sowas wie 50Hz an deinem Eingang
Abhilfe: Pulldown/Pullup Widerstände.
Bei deinem eigentlichen problem kann ich dir leider nicht helfen.
Edit: Achja kleiner Nachtrag: Die Massen von allen beteiligten Spannungen müssen selbstverständlich verbunden sein. Wenn du deinen Eingang über ein Relais mit 5V schaltest muss die Masse von der 5V Spannungsquelle mit der Masse des Schrittmotortreibers verbunden sein!
Für mich klingt übrigens das Verhalten des Schrittmotors plötzlich loszulaufen extrem für einen undefinierten Pegel am Eingang des Schrittmotortreibers. Der Eingang muss entweder auf Masse oder auf +5V liegen. Er darf nie "fliegen" also unbeschaltet sein. Das erreichst du wie schon gesagt mit einem Pulldown Widerstand. Der zieht den Eingang künstlich auf Masse wenn kein Eingangpegel anliegt.
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