Die Kommunikation zwischen PC und Mikrocontroller kannst du am besten über USB machen. Passende Module für USB auf UART gibt es ja in Massen. So musst du im Controller nur einen UART Empfang realisieren.
Die Kommunikation zwischen Motortreiber und Controller würde ich dann über RS485 machen, wo es (soweit ich weiß) auch passende ICs gibt die den UART aus dem Controller in RS485 umwandlen. So hast du am Mikrocontroller nur einen UART-Eingang (Befehle vom PC über USB) und einen UART-Ausgang (Befehle vom Controller zum Motortreiber). Alternativ kannst du auch ein zweites UART-USB Modul nehmen und damit auch einen USB Ausgang am Controller realisieren und den Treiber via USB anschließen.
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