Bei AVRStudio nutzt die Configuration nichts. Zumal es richtig 12000000UL heißen muss.

Füge mal vorn in den Hauptprogramm das folgende ein:

Code:
#ifndef F_CPU 
#define F_CPU 12000000UL
#endif
Zu den 2 Warnings:
../main.c:20: warning: implicit declaration of function 'eeprom_write_byte'
../main.c:20: warning: implicit declaration of function 'eeprom_read_byte'

du hast die Header-Datei vergessen ?

#include <avr/eeprom.h>