Benutzt du das Makefile aus dem Beispiel ? Also bei AVRStudio gab es ja die Einstellung, dass man ein externes Makefile nutzen konnte. Wenn du die gesetzt hast, ist es vollkommen egal, ob und welche Dateien du zum Projekt hinzufügst.
Wenn dann der Fehler noch auftritt, dass wird er die Datei einfach nicht finden und du müsstest im Makefile die Pfade kontrollieren.