Ich würde für Androide auch zu Eclipse+ADT greifen.

Bluetooth hat das sogenannte Serial Port Protocol, also die Implementierung eines seriellen Ports. Der Vorteil gegenüber dem Hardware Serial Port und auch Virtual COM posts ist, dass die BT Implementierungen auf jedem gängigen Betriebssystem vorhanden sind und auch von Java direkt unterstützt werden. Für den Zugriff auf die Hardware Ports brauchst du immer OS spezifische Bibliotheken.

Die Kommunikation über das Android Open Accessory Toolkit zu machen halte ich für übertrieben. Da musst du sehr viel low level USB Kommunikation machen. Da ist BT wesentlich einfacher.