Wenn sich die Hardware nicht am Programmiersignal stört, kann man die ISP Pins gut als Ausgang nutzen. Wenn man die ISP Pins als Eingang nutzen will, sollte zur Trennung ein Widerstand von z.B. 2,2 K vor die externe Signalquelle. Ich nutze die ISP Pins gerne für externe LEDs oder ähnliches, die an den gleichen Stecker kommen - man spart sich so den Stecker.