Wenn die Mega heiß werden ist das nicht gut. In deiner komplexen Schaltung wird der auch heiß?
Man sollte auch in Minimalaufbauten AREF nicht mit VCC verbinden, zwischen VCC und GND 100n geben, es kann sonst die Versorgungsspannung zu schwinden anfangen.
Vor Programmierbeginn die Spannung messen.