Ja weil du kein Via (Durchkontaktierung) gemacht hast.
Die machst du ganz einfach. Entweder machst du die Manuell, also Via auswählen und an die Posi ziehen oder du fängst, sag ich mal, mit einer Leiterbahn auf der Top Seite an (Rot) und dann ziehst du die Leiterbahn so wie du sie haben willst. Wenn du dann auf die Bottomseite wechseln willst klickst du einfach oben auf die Layerauswahl und wählst Layer Bottom aus. Wichtig ist du darfst das ziehen der Leiterbahn nicht abbrechen. Und wenn du dann den Layer gewechselt hast, siehst du das die Leiterbahn die du als nächstes ziehst blau wird. Wenn du die nun so gezogen hast wie du sie haben willst und geklickt hast, siehst du das Eagle an der Übergangsstelle von Rot nach Blau einen grünen Kreis gemacht hat. Das ist eine Durchkontaktierung und verbindet die beiden Layer miteinander.
Ein gelbes Kreuz kommt immer wenn dieses Via fehlt. In deinem Fall kam das Kreuz, weil das SMD Pad auf Top war und die blaue Leiterbahn auf Bottom und du hattest da kein Via. Aber wenn du Linksklick auf ein Bauteil im Layout-Editor machst und Eigenschaften(?) auswählst kannst du das Layer wählen auf dem das Bauteil sitzen soll.
D.h. du kannst dein SMD Bauteil auch aufs Bottom Layer setzen.