Ich hatte ähnliche Problem mit Mega32,
Lag auch an den Fusebits, welche die externe Taktung nicht aktivierten.

Mit dem Hyperterminal werden allerdings die Einstellungen der Schnittstelle direkt geändert, damit hatte ich auch noch nie Probleme (und ich arbeite viel mit 9600er Datenanbindungen echt wahr).

Die Ausgelesene Frequenz scheint mit eher wie hier bereits vermutet, von externer Natur sein, diese muß aber doch nicht auch die CPU antakten.

(wenn ich ein Bier habe, heisst das doch nicht dass ich es getrunken habe) -lol-

Also check nochmal die Fusebits und änder nicht zuviel auf einmal. Am besten lass eine Seite (PC oder Atmel) so wie sie ist und ändere nur einen Parameter nach dem anderen. Stur dabei bleiben. Sonst bust man sich die eigenen Stolperfallen.