Die Pinbelegung vom Mikrocontroller stimmt leider überhaupt nicht.
Der "Schaltplan" gehört zu einem Atmega8, in deinem Board ist ein Atmega16... Bild  
Außerdem wäre eine ISP-Schnittstelle sehr nützlich. Oder wie wolltest du das Programm
in den Controller bekommen? Bild  
Ich würde dir empfehlen, erst einen Großteil des Schaltplans fertig zu stellen und dann
das ins Layout zu übertragen. Das geht in _einem_ EAGLE-Projekt.
Hat den Vorteil, dass man erstens nicht die Übersicht verliert und zweitens, dass
der Eagle einen Vergleich zwischen Schaltplan und Layout machen kann, um falsche
oder fehlende Verbindungen zu erkennen.