Oh, sorry, hatte Deinen ersten Beitrag wohl nicht richtig durchgelesen...
Also eigentlich sollte das AVR-Studio den WIN-AVR automatisch erkennen, egal ob er vor oder nach dem Studio installiert wurde. Warum das bei Dir nicht so ist, kann ich nicht sagen. Evtl. stimmt mit dem AVR GCC-Plugin was nicht - vielleicht kannst Du da unter Tools -> Plugin Manager was sehen.

Manuell sollte es aber trotzdem gehen. Durch den Haken in dem Einstellungsfenster, das ich eben gepostet habe, gibst Du nur an, dass das Studio versuchen soll, den WinAVR-Pfad selbst zu finden. Wenn Du das Häkchen rausmachst, kannst Du die Pfade manuell angeben, wie Du es ja auch schon gemacht hast. Du darfst danach nur das Häkchen nicht wieder aktivieren, dann sollte es gehen.

Dass unter Libraries/Available Link Objects keine Dateien auftauchen ist logisch - denn die kann er erst finden, wenn er den Pfad zum WinAVR kennt.

Gruß,
askazo

PS: Alternativ kann ich Dir übrigens auch das Studio 5 ans Herz legen - ist zwar am Anfang etwas gewöhnungsbedürftig, aber mitlerweile arbeite ich nur noch damit...