@Filou89:
Dein Main liegt also im Ordner "AT90USBKEY".
Im make ist AT90_LIB_PATH = ../../AT90Lib.
Daher sucht der Compiler den Ordner AT90Lib 2 Ebenen (../../) höher (also in "Atmel Programme"). Da gibt es ihn aber nicht, sondern er ist ein Unterordner von "AT90USBKEY_20110811".
Alle anderen Lib-Ordner werden daher auch nicht gefunden.