Im Normalfall genügt es einfach makefile zu öffnen und dann zu kompilieren. Der compiler, wenn denn alles richtig installiert ist, macht dann die .hex daraus. Diese kannst du flashen wie du willst.

In C ist es halt so üblich die Unterfunktionen auszulagern, somit bleibt der Code sehr übersichtlich. Der Compiler mixt dann alles wieder zusammen.

mfg