Das IR-Licht von den üblichen IR-LEDs dürfte sich im Plexiglas ähnlich wie sichtbares Licht verhalten. Das Plexiglas wirkt als Lichtleiter. Bei Deinem Aufbau ist es ziemlich schwierig abzuschätzen, wie viel Licht von der LED in das Plexiglas eingekoppelt wird und wie viel von dem eingekoppelten Licht dann wieder auf den Fotoempfänger ausgekoppelt wird. Das kann zum Beispiel auch stark von der Oberflächenrauhigkeit in den Bohrungen abhängen. Ein gegenseitige Beeinflussung würde ich jedenfalls nicht ausschließen wollen.
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