mit avr-gcc allein hab ich noch nichts gemacht, aber winavr basiert ja darauf, das verwende ich auch
das Makefile ist, wie der Name schon sagt, fürs Kompilieren da (der Befehl dazu heißt make), darein schreibst du solche Dinge wie den verwendeten Mikrocontroller, wie deine c-Datei heißt und ähnliches
bei winavr ist dafür auch ein schönes Programm dabei, das ein passendes Makefile erstellt
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