Also die blinkende LED blinkt vom Empfinden her ca. eine viertel Sekunde lang, also so, dass man es noch deutlich als blinken wahrnimmt. Wie gesagt, sind die Aus-Phasen an den (ich nenne sie mal) Scheitelpunkten des Timers nur noch ganz kurz, man sieht kaum noch, dass sie überhaupt mal aus geht.
Was mir noch aufgefallen ist; wenn man statt der 5V USB_Spannung zwei Batterien anschließt (~3V), sind die LEDs natürlich dunkler, aber außerdem scheint das Problem ins Gegenteil umzuschlagen.
Die fadende LED am Timer geht nun so langsam an/aus, dass man sie flackern sieht (sie ist an Timer0-Fast PWM mit 255 Schritten angeschlossen). Die blinkende LED hingegen blinkt dann konstant mit immer der selben Geschwindigkeit.
Ich dachte durch eine niedriegere Spannung verringert sich der CPU-Takt und es wären alle Komponenten gleichermaßen betroffen. Aber anscheinend muss es zwischen Taktgeber und Timer0 etwas geben, dass den Timer bei niedrigerer Spannung nochmals zusätzlich verlangsamt und dass es zwischen Taktgeber und CPU (also der main-Funktion) nicht gibt.
Wie es aussieht wird die ISR wegen dem verlangsamten Timer nun nur noch so selten aufgerufen, dass mehr Leistung für die Schleife im Hauptprogramm übrig bleibt.