Da kommen wir ja eh mehr oder weniger auf das Gleiche.
Frage ist nun, WAS denn genau bei jeder Flanke zu rechnen oder zu tun ist. Eine FFT bringst du da nicht durch, logo
ISR ist auf jeden Fall besser als abtasten, da genau mit den Flanken ausgelöst wird.

btw: das C / assembler verhältnis mit 1:5 ist sehr theoretisch bzw reiner durchschnitt (und hängt auch vom eingestellten Optimizer ab). Bei sowas wie
(double)result = (double)Varia / 0.48
geht normalerweise das Licht aus und es ist doch nur eine Zeile.