Was ich so auf die Schnelle sehe:

ADMUX=(1<<MUX3)|(1<<MUX1)|(1<<MUX0); Damit überschreibst du dir ADMUX=(1<<REFS0); und hast keine Referenzspannung mehr.
Solange du den Kanal nicht änderst musst du ihn nicht neu einstellen, also auch ins main legen.

Wenn du ein Mikro kontinuierlich abfragen willst, wäre da nicht der Free-Running-Mode und ISR besser?