AVR-Studio 4 war lange Zeit aktuell. Neu gibt es auch die Version 5. Mit der kann man dann auch Code für die AVR32 Serie erstellen. Ist eigentlich egal welche du nimmst. Atmel dein Name verraten musst du bei beiden Versionen.

Ich denke du kannst problemlos mit irgend einem Editor das Schreiben, im AVR-Studio öffnen (bzw wenns offen ist sollte das Programm die Änderungen merken), Compilieren und du hast deine hex-Datei