Hallo,
ich würde an deiner Stelle erst versuchen, den Reset deiner Steuerung zu verhindern.
Versuch mal, ob es was bringt wenn du eine (Schottky-)Diode und einen Elko wie in meinem Schaltplan einbaust. Der Motor würde dann den Strom weiterhin direkt aus dem Akku ziehen, die Steuerungselektronik würde dann für den Moment des Anlaufens kurzzeitig über den Elko gepuffert werden.
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Diode kannst du z.B. 1N5821 (notfalls 1N400x o.ä.)nehmen, Elko würde ich im Bereich 100µF...1000µF ausprobieren.

Grüße,
Bernhard