Ganz so einfach wird das nicht gehen. Die Protokolle sind sehr verschieden und Umsetzer gibt es soweit ich weiss nur in die andere Richtung (USB-Kartenleser). Mikrocontroller mit USB-Host sind auch nicht so weit verbreitet und aufwändig zu programmieren. Ich würde daher dazu tendieren, die Ansteuerung der USB-Festplatte (und eventuell das Dateisystem) über ein Embedded-Linux-System zu machen (z.B. ein TP-Link WR1043ND Router mit OpenWRT) zu machen. Die Daten müssen dann noch irgendwie auf das Linux-System übertragen werden. Dazu könnte man z.B. eine serielle Schnittstelle nehmen. Wenn du an dem Controller wirklich nichts ändern kannst, dann musst du die Umsetzung von dem SPI-Protokoll der SD-Karte auf ein eigenes serielles Protokoll mit einem zusätzlichen µC machen.
Denke auch daran, dass die Software des vorhandenen Controllers möglicherweise nur eine begrenzte Kapazität ansprechen kann (z. B. die 2GB-Grenze von SD oder 32GB bei SDHC). Falls es sich um ein Fat32-Dateisystem handelt, dann ist die Grösse dadurch ebenfalls limitiert. Die 32Gb-Grenze ist jedoch nur eine künstliche Begrenzung von Microsoft (und kann mit einem alternativen Formatierungsprogramm umgangen werden). Das theoretische Limit liegt bei ca. 127 Gb.
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