So direkt hat eine hohe Spannungsfestigkeit des MOSFETs keinen Nachteil. Der kommt indirekt: MOSFETs mit hoher Spannungsfestigkeit haben bei gleichem Ron in der Regel eine höhere Kapazität, weil sie einfach intern größer sind. Der IRF540 ist auch noch ein eher alter Typ - da könnten neuere besser sein.
Ob man externe Dioden braucht, hängt von der Schaltung ab. Teils werden die FETs auch aktiv eingeschaltet und die Dioden sind dann nur noch als Reserve bzw. für eine kurze Überganszeit da. So viel schlechter sind die Dioden in den FETs auch nicht, als externe Dioden - wenn Geld knapp ist, aber platz und Leistung über ist, gehen auch die internen Diode.
Das A3989 IC paßt irgendwie weder zu 48 V noch zu externen MOSFETs.
Edit:
Der A3986 paßt schon zu 48 V und MOSFETs. Ob der Strom reicht müsste man sehen.
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