ich kann mir nur schwer vorstellen, daß ein indirektes Verfahren, wie US oder IR, deren Absorptionskoeffizienten sich bei Eiweiß und Stärke wohl nicht so großartig unterscheiden, geeignet ist.
Zumal noch dazu kommt, daß ein Stoff den anderen stört bei physikalisch basierten Nachweisverfahren.
Chemisch sollte das noch am einfachsten sein:

1. Probe: Stärke mittels Jod-Jodkalium färben (wird schwarz) und Farbwert messen
2. Probe: Eiweiß mittels Xanthophyll-Reaktion gelb färben und Farbwert messen

Schwierig wirds, wenn die beiden Werte in einem kontinuierlichen Prozeß gemessen werden müssen.