Woran kann das liegen ?
An mehreren Dingen.

Adresse bei laufendem betrieb und nicht vorhandem baustein umgeschaltet
Bodlevel und boden fusebits aktiviert
Ja und, irgendwelche Änderungen?!

oder muß ich eine programmschleife ändern ?
Sollen wir raten wie die Schleife aussieht um dir darauf ne Antwort geben zu können?!

arbeite mit der sprache c.
Siehe eine Antwort weiter oben.

Der bus selber ist auf der CPU Platine und auf der Portplatine mit 2,2 Widerständen als Pull-Up geschaltet.
2,2 was?! Wenn du kOhm meinst sollte das eigentlich passen.

Meine Vermutung war noch, wenn man die Betriebsspannung schnell aus und wieder einschaltet das der Controller nicht immer sauber hochläuft.
Jein, bedenke dabei das er eine bestimmte Zeit zum Booten braucht. Je nach Programm noch länger... aber wie gesagt, keiner kennst dein Programm.

Weiß jemand rat ??
Das wäre in diesem Fall nur "raten", also bitte mehr Details.