Ich hab zwar kein STK, aber könnte es denn sein, dass du für die LED den Pin nicht auf Ausgang geschalten hast du die LED jetz aufgrund des Pullups leuchten? Sind die LEDs Low- oder High-active?

Du kannst auch mal den AVR aus dem Sockel nehmen und dann einfach mit einem Draht von VCC (High-active) oder von GND (Low-acitve) zum Pin mit der LED brücken. Wenn die LED leuchtet kannst du das Board als Fehlerquelle schon mal ausschließen.

Gruß
-schumi-