Nein, das bedeutet nur, dass du die Anwendung neu kompilieren musst, damit sie unter Windows ausgeführt werden kann. Cygwin bringt entsprechende Headerfiles + Bibliotheken mit, um für die Linux/Unix/POSIX-API geschriebene Anwendungen unter Windows ausführen zu können, sofern sie entsprechend kompiliert wurden.

mfG
Markus