wie sehen die Fusebits denn aus?
vielleicht liegts ja am Watchdog ( der resettet den Mikrocontroller nach kurzer Zeit, wenn du ihn nicht deaktivierst, beim ATMEGA128 gabs damit mal Probleme) oder am JTAG-Anschluss ( der ist aber ab dem ATMEGA16 vorhanden und blockiert den Port C, wenn er aktiviert ist)