Offensichtlich muss man den Timer, der im CTC Modus laufen soll in der Reihenfolge vor jenen Konfigurieren, die "normal" laufen.
Ne, muss man nicht.
Du hast einen Fehler in deinem Code. Da du den ja aber nicht zeigst, kann ich dir auch nicht sagen welchen genau. Aber wenn ich raten soll, würde ich sagen, dass sich die beiden Timer ein Interrupt-Enable-Register teilen, und du bei der Konfiguration des einen Timers dieses mit einem "=" beschreibst, und beim anderen mit einem "|=".