Hallo,
das müsste schon möglich sein. Du überträgst wahrscheinlich mit avrdude, dann kannst du das über die Kommandozeile festlegen. Es gibt aber so viele Optionen bei avrdude, das kann man sich gar nicht alles merken. Welchen Parameter du genau brauchst, musst du hier raussuchen: http://www.nongnu.org/avrdude/user-m...avrdude_4.html
Beim flashen wird der EEPROM-Speicher mit Einsen gefüllt (Hex FF, Dec 255, Bin 11111111).
Notfalls irgendein "workaround" machen - erst EEPROM-Daten auslesen, dann flashen und EEPROM-Daten wieder draufspielen, die Aufrufe von avrdude ließen sich in einer .bat -Datei unterbringen.

Grüße, Bernhard