Könnte dran liegen das Du den Software Watchdog des Slave Programms aktiviert hast. Der muss dann auch ständig zurückgesetzt werden.

Das hier:
// Enable Watchdog for Interrupt requests:
I2CTWI_transmit3Bytes(I2C_RP6_BASE_ADR, 0, CMD_SET_WDT, true);
// Enable timed watchdog requests:
I2CTWI_transmit3Bytes(I2C_RP6_BASE_ADR, 0, CMD_SET_WDT_RQ, true)
muss auf false wenn Du das nicht brauchst.

MfG,
SlyD