C3 dient eigentlich als Ladungsspeicher, um einen kurzzeitigen Anstieg im Leistungsbedarf des ICs zu bedienen. Normalerweise nimmt man dazu Elkos (wie auch im Datenblatt durch das kleine + zu erkennen). Keramikkondensatoren gehen zwar auch, sind aber bei Kapazitäten >1µF nicht üblich.

Abgesehen davon bringt der Kondensator an der Stelle, wo er momentan bestückt ist, so gut wie gar nichts. Pufferkondensatoren sollten - wie auch Abblockkondensatoren - so nah wie möglich an den Versorgungspin des jeweiligen ICs platziert werden. Daher ist auch Dein C1 ungünstig platziert. C5 ist schon besser, aber auch der könnte noch näher an den Mega ran...

Und mir ist noch was aufgefallen:
Deine Rx/Tx LEDs werden - so wie Du sie angeschlossen hast - invertiert blinken. Siehe FTDI-Datenblatt S. 31...

Gruß,
askazo