Tritt das Problem an diesem Ausgang auch auf, wenn an den anderen Ausgängen kein Motor angeschlossen ist? Damit könnte man Probleme mit der Stromversorgung ausschließen.

Theoretisch könnte es auch sein, dass aus irgendeinem Grund für diese Achse keine sauberen Signale vom Rechner kommen.

Am wahrscheinlichsten ist natürlich ein Fehler in der Schrittmotorsteuerung. Zur Überprüfung könntest du parallel zu jeweils einer Wicklung des Schrittmotors zwei antiparallel geschaltete Leds mit einem Vorwiderstand anschließen. Die Leds sollten beide (zumindest zeitweise) leuchten, wenn der Motor sich dreht.