Wenn diese Leitung keine Verbindung zu anderen Pins oder der Stromversorgung hat, wirst Du daran nichts ändern können.

Ich hab meine bisherigen Controller immer in der Anwendungsschaltung geproggt, bei mir ist dieser Effekt noch nie aufgetreten.

Ich vermute, das die MISO Leitung vom Programmer aus auf +5V liegt.
Über die internen Schutzdioden im Ziel Controller wäre es vorstellbar, das sich diese Spannung auf die Versorgungsspannung überträgt.

Zieh mal den Controller aus der schaltung und guck, ob der Effekt dann immer noch auftritt.
Ist der Effekt dann immer noch da, hast Du irgendwo einen Fehler in der Beschaltung der MISO Leitung gemacht.