Üblicherweise ist das schon so, wie Du das beschreibst.
Ist die Zielhardware ohne Strom leuchtet eine rote LED ( für das Programm Interface ) und eine grüne LED ( für die USB Schnittstelle.

Ich vermute, Du hast da eine Berührung zwischen einer Programmierleitung und der Betreibsspannung.

Somit wäre zu erklären, das die Zielschaltung über einen Port des Programmiergerätes mit Strom versorgt wird und die LED deshalb grün leuchtet.

Schalt mal einen 1kOhm Widerstand zwischen +5V und GND an Deiner Zielschaltung und guck mal, ob der Fehler dann immer noch auftritt.