Es wäre hilfreich wenn Du etwas mehr von Deinem Code posten würdest damit man verstehen kann was Du vor hast.
Für mich riechts stark nach ner CNC-Steuerung welche direkt mit G-Code gespeist werden soll und Deine Berechnungen könnten für Kreisbahnfahrten/Radiuskorrekturen von Nöten sein.
Das bleibt bei den wenigen Programmschnippseln aber Spekulation und bringt Dich nicht weiter.
Wenn Du die Motoren im Halbschritt betreibst nützt Dir die feine Auflösung der Encoder wenig wenn Dein Getriebe nicht passend aufgebaut und die ganze Anlage nicht in einem vollklimatisiertem Raum steht.