15 pF sind nicht viel, das kann man mit einem suboptimalen Platinenlayout schnell zusammen haben
Vom Ausgang geht eine etwa 10mm lange Leitung direkt zum IC. Sollte also keine Probleme machen.

Vielleicht kann man mal probehalber ein zusätzliches Gatter dazwischenhängen, als Buffer/Treiber.
Ich habe schon ein Gatter von einem CD40106 (inv. Schmitt-Trigger) dazwischen gehangen. Leider ohne Erfolg. Der scheint bei 3,3V nicht mehr sauber zu arbeiten obwohl er bis 3V spezifiziert ist. Vielleicht ist auch die Frequenz mit 16MHz zu hoch.

Wenn ich nicht alle seriellen Schnittstellen an meinem Xmega-Controller in beschlag genommen hätte, dann hätte ich ja einen CLKOut vom Prozessor genommen. Leider liegen die CLKOut Ausgänge beim XMega128 auf den RxD Pins.