Ein paar Sachen, die mir auffallen:

1. Der Impuls sollte ~10 µs und nicht ~10 ms sein.

2. Die if Abfragen gehen nicht mit PORTC, sondern mit PINC.

3. Warum kann die Stopwatch1 nur gestartet werden, wenn sie 0 ist?

4. Mit der 1ms Stopwatch wird man nicht sehr genau messen können. Vielleicht solltest du als Zähler den 100µs timer nehmen.

Gruß Dirk